OsiriX

Nom OsiriX
Plateforme(s) MacOs
Page de téléchargement OsiriX
Tarifs
  • Gratuit pour la version de base
  • 665€ pour la version MD

Fonctionnement d’OsiriX

Vous téléchargez une version gratuite sur le site (Cf. Lien au dessus). Ensuite l’installation est classique. Je passe.

Nous allons nous focaliser sur le fonctionnement.

Fonctions de base

Lancez OsiriX en cliquant sur l’icône.  Vous devriez avoir ce type de fenêtre qui s’ouvre.

 

Capture d’écran 2015-09-29 à 16.22.43

C’est la base de données patients.

Si vous ne voyez pas la colonne de gauche, cliquez sur ce bouton en bas à gauche.

Capture d’écran 2015-09-29 à 16.25.35

Ou sur celui-là en haut.

Capture d’écran 2015-09-29 à 16.27.01

Pour ouvrir un examen il suffit de double cliquer dessus

Capture d’écran 2015-09-29 à 16.35.51

Pour ouvrir une seconde série, il faut faire un clic droit sur la vignette de la colonne de gauche.

Capture d’écran 2015-09-29 à 16.38.21

Normalement les séries sont synchronisées. Si ce n’est pas le cas, cliquez sur cette icone en haut.

Capture d’écran 2015-09-29 à 16.40.03

Soustraction

Affichez deux séries similaires sans et avec injection de produit de contraste.

Capture d’écran 2015-09-29 à 16.41.57

Cliquez sur l’icone en haut de l’image sans injection.

Capture d’écran 2015-09-29 à 16.42.27

Maintenez la souris appuyée et « jetez » l’icone dans la fenêtre avec injection de produit de contraste.

Capture d’écran 2015-09-29 à 16.43.52

Un menu s’ouvre.

Capture d’écran 2015-09-29 à 16.46.04

Cliquez sur l’opération que vous souhaitez, soustraction, ici en l’occurence.

Capture d’écran 2015-09-29 à 16.49.21

MatLab pour les radiologues et les étudiants

Bases de programmation et algorithmique avec MatLab

Travailler ses images médicales grâce à MatLab

Introduction

  • MatLab = Matrix Laboratory
  • Langage de programmation simple, non compilable, rapide, universel
  • Multiplateforme (Mac, PC, Linux)
  • Importante communauté d’utilisateurs
  • Apprentissage rapide
  • Pourquoi MatLab et pas un autre langage ?? => nous ne sommes pas programmateurs !

Présentation générale

matlab

  • Le menu du haut est similaire à la plupart des programmes
  • Le dossier de travail, est le dossier où sont contenus vos fichiers DICOM, images, données, etc.
  • La fenêtre de commande est l’espace où l’on tape les lignes de commande qui exécutent des actions
  • La fenêtre de mémoire de travail affiche le nom des constantes contenant les valeurs générées par le programme, leur taille et leur type de contenu
  • La fenêtre d’historique répertorie toutes vos dernières actions

Pour bien commencer avec MatLab

  • Il faut d’abord se placer dans son dossier de travail dans la fenêtre de gauche en cliquant sur la double flèche <<
  • Celui-ci contient les fichiers que vous souhaitez traiter
  • Nous allons ensuite demander à MatLab d’effectuer quelques petits calculs pour se familiariser avec son utilisation

Opérations numériques classiques

  • Commençons par la base de la base. Faire une addition. Rien de plus simple. Il faut considérer que MatLab n’est rien de plus qu’une supercalculette.
  • Dans la fenêtre de commandes nous allons lui demander de résoudre 36 + 44 (je sais que vous avez déjà trouvé la réponse !)
  • Pour cela il suffit de taper 36 + 44 dans la fenêtre de commande

>> 36 + 44

ans =

   80

  • Quand je disais que c’est facile de programmer, maintenant vous me croyez
  • Vous pouvez aussi soustraire, multiplier ou diviser
  • Deux remarques à ce niveau :
    • MatLab est un logiciel anglo-saxon, les virgules sont remplacées par des points
    • Le signe de la multiplication est l’étoile *

>> 34-52

ans =

   -18

>> 1.5 * 4

ans =

     6

>> 12 / 4

ans =

     3

  • Combinons les opérations
  • xemple :

>> 1 - (2 + 5.2)*10 / (5^3)

ans =

   0.4240

 

Stocker une variable de travail

  • Bon, c’est intéressant de pouvoir faire des opérations numériques, mais il faut bien ranger les résultats quelque part si on veut pouvoir les réutiliser après (à moins d’avoir une mémoire d’ordinateur, ce qui n’est généralement pas le cas)
  • Nous allons donc stocker les résultats dans ce qu’on appelle des « variables »
  • Pour comprendre la suite, il faut assimiler trois notions très simples. Considérons qu’une variable soit un pot, rangé sur une étagère de cuisine.
    • Une variable a un nom unique sensible à la casse, c’est l ’étiquette qui est collée sur le pot (les majuscules sont prises en compte, Sel n’est pas sel)
    • Une variable à un type, c’est la forme du pot, qui du coup ne peut pas contenir n’importe quel contenu (en fait on indique si la variable contiendra des nombres entiers, des nombres réels, du texte ou autre chose, ceci conditionnera la quantité de mémoire utilisée par votre ordinateur pour stocker votre variable)
    • Une variable à un contenu dont vous pouvez récupérer la valeur à n’importe quel moment. Je peux décider d’ouvrir mon pot et de prendre du Sel
  • Tout ça n’est qu’une question de gout
  • Par exemple nous allons stocker dans la variable nommée A la valeur de l’opération à droite du signe =
  • Notez que ^ correspond à la mise en puissance. Ici 5 à la puissance 3
  • La variable A contient la valeur 0.4240
  • Pour interroger MatLab et connaitre la valeur de A, il suffit de taper A
  • On peut ensuite combiner les opérations comme avec B

>> A = 1 - (2 + 5.2)*10 / (5^3)

A =

   0.4240

>> A

A =

   0.4240

>> B = 2 * A

B =

   0.8480

 

Lire une image DICOM avec MatLab

  • Bon, tout ça c’est très bien me direz vous, mais quel rapport avec la radiologie ?
  • J’y viens
  • En imagerie médicale, les images générées par les modalités sont dans un format particulier nommé DICOM
  • Chaque fichier image a pour particularité de contenir systématiquement 2 informations
    • Le header, une partie textuelle qui contient le nom du patient, son age, la modalité, etc
    • L’image en elle-même, généralement en noir et blanc, non compressée
  • Pour lire une image DICOM entièrement, il faut donc lire ces 2 informations
  • Arrivé ici, vous savez faires quelques opérations simples avec MatLab et stocker vos résultats en mémoire. Je vous conseille de bien vous familiariser avec ces notions avant de passer à ce qui suit.
  • Nous allons apprendre à lire un fichier DICOM. Si vous ne savez pas ce qu’est un fichier DICOM, disons que c’est le fichier qui contient votre image médicale. Il est constitué de 2 parties. La première appelée header contient les informations concernant votre patient et l’examen (NOM, AGE, MODALITE, DATE DE L’EXAMEN, etc.).
  • La seconde contient l’image en elle-même. Elle est stockée sous la forme d’une matrice et chaque pixel est codé sous la forme d’un nombre.
  • Placez vous dans le dossier contenant votre fichier. Tapez la commande suivante. Votre image est alors décodée.

>> dicomread(’image_528.dcm')

   17     12     18     16     14     19     19     13     13     13     16     10     16     15

     17     17     20     12     14     16     15     14     17     15     21     20     12     16

     12     14     19     19     14     17     18     10     16     16     17     23     15     20

     11     16     13     20     16     13     13     13     13     21     15     18     18     16

     14     15     14     15     13     21     15     15     21     10     16     15     10     16

     15     20     14     13     13     20     14     11     11     17     14     17     19     19

     13     15     19     12     14     15     12     16     17     17     13     19     17     19

     15     20     14     18     17     13     17     17     15     16     17     10     15     13

     12     19     14     19     11     16     14     15     14     17     14     16     21     8

     10     23     15     18     15     14     15     13     14     16     16     18     17     10

     19     11     15     19     16     13     18    

 

  • Si vous rajoutez « ; » à la fin, l’image est lue mais MatLab n’affiche pas les valeurs de tous les pixels

>> dicomread(’image_528.dcm');

>>

  • L’image est lue mais pas stockée

>> A = dicomread('image_528.dcm');

>>

  • La variable A contient l’image lue
  • Bravo ! Vous venez de lire votre première image DICOM
  • Peaufinons un peu la technique
  • Commençons par la ranger dans une variable pour pouvoir la réutiliser

>> image1 = dicomread(’image_528.dcm’)

  • Ensuite, pas besoin d’afficher le contenu sous forme de chiffres. Nous pouvons cacher le résultat de la lecture en terminant les commandes par ;

>> image1 = dicomread(’image_528.dcm’);

  • Regardez dans le la mémoire de travail en haut à droite, vous devez voir apparaître votre image. On peut y lire son nombre, la taille de la matrice et le type (Cf. Stocker une variable)

Afficher une image

>> imshow(image1,’DisplayRange’,[])

>>

  • hop

matlab2

>> imagesc(A)

>>

  • matlab2

A suivre…

Prochaine étape : réaliser une soustraction

Si vous avez des questions ajoutez un commentaire à cet article

 

Excel pour les statistiques médicales

excelVous ne le savez peut être pas encore, mais sur Excel vous avez la possibilité de faire toutes vos statistiques. Et ça, c’est bien pratique quand on rédige une thèse, un mémoire ou un article scientifique. (Je n’ai aucun conflit d’intérêt à déclarer avec la société Microsoft®)

 

Présentation d’excel

C’est quoi, Excel ?

Excel est un tableur créé par la société Microsoft®. Il a été conçu sous forme de cellules repérées grâce à l’adressage (Cf. « adressage »).
Il est très pratique pour faire des calculs, des tableaux, et des graphiques.

La sémAntique Excel

Un document Excel est appelé classeur.

Chaque classeur possède trois feuilles de calcul par défaut, on peut les voir en bas à gauche du classeur. On peut ajouter des feuilles à sa guise en cliquant sur ce bouton :

247855

L’adressage

C’est simplement le nom d’une cellule définie par la lettre de sa colonne puis le chiffre de sa ligne.

Sur l’image ci-après la cellule F7.

excel1

Lorsque vous êtes dans une cellule, ses coordonnées (par exemple, F7) se colorient en orange dans les barres (en haut et à gauche).

Astuce Excel

excel2

Imaginons que vous vouliez remplir rapidement une colonne avec une succession de chiffres (ou de dates). Rentrez les deux ou trois premiers.

excel3

Sélectionnez les cases à répéter. Cliquez sur la petite croix (le petit +) en bas à droite des cases sélectionnées. Tirez vers le bas. Relâchez.

excel4

Vos cellules sont remplies automatiquement.

Cette astuces marche avec de multiples combinaisons. A vous de tester.

Les formules Excel

Excel permet de simplifier les calculs et de les modifier facilement. Nous allons commencer par du super simple avec de complexifier les choses. Dans ce tutoriel vous allez créer une feuille de calcul qui contient des données issues de l’analyse de vos patients. Imaginons que vous avez placé des ROI dans 6 zones chez 7 patients différents. Vous avez ensuite entré les valeurs de ces ROI dans un tableau comme suit.

Capture d’écran 2015-09-29 à 14.46.14

Moyenne

Nous allons extraire un maximum d’informations de ces données grâce aux formules proposées par Excel. Et vous allez voir que vous n’avez pas besoin d’un logiciel de statistiques plus complexe. Commençons par calculer la moyenne des valeurs obtenues par les ROI. Créer une nouvelle colonne que vous appelez moyenne.
Capture d’écran 2015-09-29 à 14.46.24

Vous cliquez ensuite dans la première case de la colonne. Vous tapez « =MOYENNE« . Les parenthèses s’ajoutent toutes seules.

Capture d’écran 2015-09-29 à 14.46.42

Ensuite vous sélectionnez toutes les cellules qui doivent être prise en compte pour le calcul de la moyenne. Et surtout vous appuyez sur ENTREE lorsque c’est fini.

Capture d’écran 2015-09-29 à 14.46.53

Ensuite vous cliquez dans le coin en bas à droite de la première case calculée et vous tirez vers le bas. Excel calcule toutes les autres moyennes des autres lignes. Rapide, efficace. Tout ce qu’on aime

Capture d’écran 2015-09-29 à 14.47.16

Somme

On peut décliner le principe avec la somme : « =SOMME() »

Capture d’écran 2015-09-29 à 14.59.09

Ecart-type

Ou encore le calcul de l’écart-type aussi appelé déviation standard : « =ECARTYPE() »

Capture d’écran 2015-09-29 à 15.01.18

Plus « compliqué » : t-test

Imaginons que l’on souhaite réaliser un test apparié pour comparer deux méthodes d’imagerie. On va réaliser un t-test. Pour cela il faut faire deux colonnes contenant les deux méthodes à comparer entre elles. Chaque ligne est une observation réalisée pour chaque méthode.

Capture d’écran 2015-09-29 à 15.09.23

Comme pour les formules précédentes, on tape « =T.TEST« . Il faut indiquer 4 argumentsà Excel. Le premier la méthode 1, le deuxième la méthode 2,  1 pour unilatéral et 2 pour bilatéral puis 1 car les observations sont pairées.

Capture d’écran 2015-09-29 à 15.09.40

Dans cet exemple, la différence n’est pas significative.

Capture d’écran 2015-09-29 à 15.09.33

Dans cet exemple, la différence est significative.

Capture d’écran 2015-09-29 à 15.26.53

Conclusion

C’est relativement simple de faire ses statistiques sur Excel car le logiciel contient la plupart des fonctions de base pour l’écriture d’un papier. Par ailleurs on le trouve plus facilement que des logiciels plus complexes. Enfin, des milliers de tutoriaux sont disponibles sur internet donc un coup de main est plus rapide à trouver.

Comme je suis très sympa, voici en téléchargement un fichier d’exemples.

Si vous avez des questions envoyez les en commentaire de l’article.